至於台灣為何水質偏鹼？乃是地質中石灰質豐富，石灰質來自珊瑚礁的生物沈積，台灣位處亞熱帶，才會有珊瑚礁，日本位於溫帶，相對的，沒有珊瑚這種熱帶生物，同樣造山運動隆起的山脈中，日本也就少見有石灰岩的成分了。
話說回頭，魚菜共生若用台灣的自來水有問題嗎？這是個好問題，許多人種到一半，會發現植物缺乏營養的狀況。黃葉、皺縮、甚至生長遲緩，這時候有可能就遇上有水耕經驗的朋友推薦營養液，對家庭玩家還好，對想規模生產的人來說，又是一項成本的增加。
營養液肥的使用並無好壞，這只是解決問題的一項管道。但是因為各種作物所需的營養不同，若同時種植多種作物，那不是要買各種營養液肥了嗎？而這也可能導致農作物的『偏食』，而導致種出漂亮卻營養不均衡的食物。
難道沒辦法讓植物自己決定要吸收哪一類營養？是的，當我們面臨到這樣的問題，第一步該確定的，不是植物缺乏哪種營養，哪種礦物質，而是必需問，水質的酸鹼度（pH值）是否太鹼了？使得植物吸收不良。
水質的酸鹼度（pH值）關係到肥沃與貧瘠，大部分的農作物喜歡弱酸(pH6.0~7.0)環境，這樣礦物質的吸收會比較好。而一個正常運作的魚菜共生系統，也往往會朝弱酸環境前進。這酸來自硝化菌硝化作用的代謝、植物根系原先為了疏鬆土壤而產生的有機酸....這些往往會一再降低酸鹼度（pH值），這也使得更多的礦物質，被植物所吸收。
但我們前面提到，台灣水質鈣鎂離子高，水質偏硬偏鹼，難道沒有其他天然的方式在系統建構之初，就能營造肥沃的弱酸水質嗎？
事實上在人類開墾荒野的歷史中，如何將貧瘠化為肥沃，早已是老祖先的農業智慧。我們發現，將泥炭土、黑水、欖仁葉...之類的東西，放入貧瘠的水中，可以讓水草長的更美，同樣的方式，若用在魚菜共生的系統中也能使得水質軟化、變成弱酸水，而使得農作物能吸收到更多微量元素。
