1季節與溫度：雖然農作物在每個時節都因為科技的進步而發芽，但每種物種都有能適應的範圍。溫度不適合有可能造成農作物的病蟲害、甚至因為氣候變化產生寒害霜害，減損農作物的價值。
2.病蟲害：雖然魚菜共生系統標榜模仿天然，然而事實上，也正因為如此，不能因為農作物生病就濫施農藥，因為那會造成整個的系統崩解。所以選擇體質強健的農作物（如：育苗選種）、利用誘捕技術（如果實蠅誘捕籠、電擊式捕蟲燈...）、溫室隔絕（如 ：網室栽培、玻璃溫室...）、定期噴生物製劑（如蘇力菌、黑僵菌...）、放養天敵（如螳螂、寄生峰、蜘蛛、草蛉、瓢蟲...），就成了不可或缺的專門技術。3.肥份需求：一般來說，健全的魚菜共生系統能供給大量的氨氮來源，但卻容易缺乏礦物質，所以能另外依照植物育成、生長、開花、結實各階段不同的需求，供給相對應的營養鹽嗎？
育成與生長需要長葉子需要大量的氮肥，開花需要磷肥，結實需要鉀肥。除了各階段的氮磷鉀肥份之外，由於魚菜共生系統有大量的水分，會讓水的pH值直接影響到植物，中性到弱酸(ph值5.6~7.0)的水質會對植物吸收有莫大的助益。
4.食用價值：對於某些朋友來說，魚菜共生系統是取得安全食物的方式，若能提供無毒又健康的蔬果，對於整個系統的價值，有更多的加分。
5.交互種植：魚菜共生系統模仿大自然，所以就不適宜以商業種植的思維進行管理，慣行農法中常見大面積大量種植『同一種』農作物，在魚菜共生系統來說，往往就是災難的開始，單一品系同一品種的農作物大量生產時，對喜愛這類植物為食的害蟲來說，無異是個大型的派對，為了食物與繁殖，當然就會蜂擁而至，接著為了防制病蟲害，必需花費更多精力與金錢。
另一方面來說，『同一種』農作物，因為營養需求相近，育苗時營養需求小時還好，成長期時，若某一營養不足，就會產生養分的爭奪，這就像偏食一樣，對系統的穩定，投下更多變數。合理的作法是同時種植數種不同的作物，如此一來害蟲無法大量繁生、肥份營養需求不同而能互補，採收期不同，而避免一次性採收，導致硝酸鹽的飆高。
7.特殊習性：講到各種蔬果的特殊習性，就要對植物的生長期狀況要清楚，農民曆是個非常方便的助手。按照各時節適當的時機種植蔬果，會讓種植充滿樂趣，而更加省力。舉例來說：草莓一般在秋季種，越冷越容易開花，日照越多就越紅越香甜，但是某些品種為中日照，一年到頭都能開花結果。蕃茄其實是茄子的表兄弟，甚至可以利用茄子當作嫁接的砧木。羅勒又稱九層塔，其葉片常當作三杯雞、鹹酥雞甚至快炒海鮮的香料，也是義大利麵青醬的主要原料、羅勒的種子泡水後很類似山粉圓，可以當成甜品，可謂周身是寶。
以上各點都是在魚菜共生系統中，種植農作物時所必需注意的。以下是魚菜共生系統中種植的推薦單及中英文對照。
Lettuce生菜（萵苣）
Tomatoes蕃茄
Mint薄荷
Okra秋葵
Strawberries草莓
Basil九層塔（羅勒）
Celery芹菜
Sweet Potatoes地瓜
Peppers and Chilies青椒和辣椒
Cucumber黃瓜
Bok Choy 小白菜
Cabbage高麗菜（捲心菜）
Watercress豆瓣菜（西洋菜）
Most Herbs大多數的香草
