1.溫度：雖然魚是變溫動物，就某些推薦的魚種來說，低緯度不適合養殖怕熱的魚（像虹鱒），而同樣高緯度也不適合養怕冷的魚（像吳郭魚），每種物種都有能適應的範圍。
2.身體強健：雖然魚菜共生系統標榜模仿天然，但事實上，正因為如此，不能因為魚兒生病就濫給藥物，因為那會造成系統崩解。所以選擇體質強健的魚種（如鯉魚）就相對重要。不容易生病，對於照顧者才不會變成災難。
3.溶氧：一般來說，健全的魚菜共生系統需要供給大量的氧氣，但主要是消耗在細菌上，所以能夠忍受溶氧低的狀況，才不容易翻缸？
4.食用價值：對於某些朋友來說，魚菜共生系統是取得安全食物的方式，若能除了種菜之外，還能提供無毒又健康的魚肉，對於整個系統的價值，有更多的加分。
5.換肉率：多吃又能長的魚，對魚菜共生系統是個好選擇，努力成長的魚，通常也意味著，供給穩定的氮，這對硝化作用的原料供給，是相當正向的。
6.混養與否：混養是一門學問，在同一水箱共同成長，對於系統的穩定性有其助益。若有需要混養，需注意食性是否相近（吃葷的魚別跟吃素的魚關一起，難保哪一天吃葷的，把吃素的當成一餐）、大小盡量相近（大吃小，向來是大自然鐵則，大錦鯉就算再溫和，搶飼料時，還是可能會把一起搶飼料的小小大肚魚，給請到肚子裡去）、上層魚可以搭配下層魚（上層吃不完的殘餌，下層魚可以代勞）。
7.特殊習性：講到各種魚的特殊習性，就要對魚性要清楚，錦鯉有可能想鯉躍龍門，變成魚缸外的魚乾。吳郭魚若有公有母，可能成天打架搶地盤，最後成長緩慢。鯰魚看似忠厚老實，卻喜歡同類相殘，放養50尾，可能到收成時候只剩一尾。以上各點都是在魚菜共生系統中，養殖魚類時所必需注意的。以下是養殖水族的推薦單及中英文對照。
Carp鯉魚
Koi錦鯉
Goldfish金魚
Jade Perch澳洲寶石鱸
Murray Cod 墨瑞鱈
Catfish鯰魚
Marble Goby 筍殼魚
Mud Fish塘虱
Yabbie澳洲淡水小龍蝦
Silver Perch銀鱸
River Mussel 田貝（圓蚌、河蚌）
Barramundi金目鱸
Perch河鱸
Trout虹鱒魚
Bluegill (Bream or Pan Fish)藍鰓太陽魚
Crayfish 美國螯蝦
channel cat 叉尾鮰魚
